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Lo primero, y hablo desde el completo desconocimiento, estás segura de que el tratamiento es incompatible con la lactancia? te lo digo porque los médicos no suelen controlar nada sobre el tema y directamente dicen que hay que dejar de dar el pecho cuando muchas ve es no es así. Te recomiendo que consultes la página de elactancia.org para confirmarlo.
Por otra parte decirte que el que le quites la teta de noche no va a implicar que duerma mejor te lo aseguro de hecho el foro está lleno de consultas de mamis de nenes que toman bibe.
Dicho esto, la máxima para el destete es "no ofrecer, no negar". Cuando te pida teta intenta distraerla con otra cosa o darle bibe o vasito , sino deja de llorar le das la teti y lo volvéis a intentar en la siguiente toma. Sin prisas y sin agobios.